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| 基質構成固定相的骨架 | |||
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基質構成固定相的骨架，親和層析的基質應該具有以下一些性質：
一、.具有較好的物理化學穩定性。在與配體偶聯、層析過程中配體與待分離物結合、以及洗脫時的pH、離子強度等條件下，基質的性質都沒有明顯的改變。
二、.能夠和配體穩定的結合。親和層析的基質應具有較多的化學活性基團，通過一定的化學處理能夠與配體穩定的共價結合，并且結合后不改變基質和配體的基本性質。
三、.基質的結構應是均勻的多孔網狀結構。以使被分離的生物分子能夠均勻、穩定的通透，并充分與配體結合。基質的孔徑過小會增加基質的排阻效應，使被分離物與配體結合的機率下降，降低親和層析的吸附容量。所以一般來說，多選擇較大孔徑的基質，以使待分離物有充分的空間與配體結合。
四、.基質本身與樣品中的各個組分均沒有明顯的非特異性吸附，不影響配體與待分離物的結合。基質應具有較好的親水性，以使生物分子易于靠近并與配體作用。
一般纖維素以及交聯葡聚糖、瓊脂糖、聚丙烯酰胺、多孔玻璃珠等用于凝膠排阻層析的凝膠都可以作為親和層析的基質，其中以瓊脂糖凝膠應用最為廣泛。纖維素價格低，可利用的活性基團較多，但它對蛋白質等生物分子可能有明顯的非特異性吸附作用，另外它的穩定性和均一性也較差。交聯葡聚糖和聚丙烯酰胺的物理化學穩定性較好，但它們的孔徑相對比較小，而且孔徑的穩定性不好，可能會在與配體偶聯時有較大的降低，不利待分離物與配體充分結合，只有大孔徑型號凝膠可以用于親和層析。多孔玻璃珠的特點是機械強度好，化學穩定性好。但它可利用的活性基團較少，對蛋白質等生物分子也有較強的吸附作用。瓊脂糖凝膠則基本可以較好的滿足上述四個條件，它具有非特異性吸附低、穩定性好、孔徑均勻適當、宜于活化等優點，因此得到了廣泛的應用。瓊脂糖凝膠微球的商品名為Sepharose，含糖濃度為二、%、四、%、6%時分別稱為二、B、四、B、6B。因為Sepharose 四、B的結構比6B疏松，而吸附容量比二、B大，所以四、B應用最廣。
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